南京医科大学第三附属医院儿科，是扬州地区重点专科，现有医护人员26人，其中具有高级职称医师7人，病区床位40 张。设有新生儿重症监护室,本科具有新生儿、神经、呼吸、儿童保健、肾脏、消化、内分泌7个专业组，拥有美国新生儿监护仪、记录仪、脉博血氧监护仪、无创血压监护仪、经皮胆红素测定仪、微量血糖测定仪、远红外抢救台、蓝光治疗仪、微电脑输液泵、英国小儿呼吸机、早产儿培养箱、国产先进小儿高压氧舱、CRP测定仪、电脑中频药物给药治疗仪等先进设备20台（套）。新生儿专业:开展新生儿窒息复苏技术、气管插管下机械通气术、新生儿HIE和新生儿颅内出血，新生儿肺透明膜病。新生儿肺出血，新生儿肺炎，新生儿败血病，NEC，新生儿呼吸哀谒，新生儿硬肺症，新生儿高胆红素血症，核黄疸，新生儿化脑，新生儿自然出血症，肝炎综合症,极低重儿的救治工作。神经专业:开展新生儿神经行为测定、脑瘫早期干预、儿童心理测试、儿童心理咨询、高热惊厥防治、儿童多动症、儿童抽动症、癫痫、感觉统合失调、学习困难等的诊治.呼吸专业开展项目：吸入疗法治疗婴幼儿哮喘、儿童哮喘、中西医结合治疗反复呼吸道感染,末梢血支原体衣原体检查、末梢血C反应蛋白检查、药物中频理疗等一些在国内比较先进的检查方法及治疗手段，在本地区享有很高声誉。 
　　本科各专业组具有良好的人才梯队，具有治疗儿科各类疾病能力，在临床、医疗、教学、科研工作中取得了成就。本科开展了三级医院部分诊疗项目，有南医大、扬州卫生局、仪征科技局立项科研课题10余项，近5年在国家级和省市级医学刊物、学术会议发表论文综述、译文共20余篇，获多项科技成果奖，并圆满完成南医大等医学院校临床教学、实习带教任务。